С первых дней Великой Отечественной войны Илья Маликов был на передовой. 22 июня 1941 года он совершил свой первый боевой вылет. Воевал на Юго-Западном, Калининском, Центральном, Белорусском и 1-м Белорусском фронтах. 

29 августа 1942 года в районе Ржева самолёт Маликова был подбит зенитным снарядом. Тяжело раненный лётчик смог довести машину до советского тыла и посадить её без шасси, после чего потерял сознание. В госпитале ему ампутировали ногу.

Однако Илья Антонович не сломился. В мае 1943 года он вернулся в свой полк, а в июле добился разрешения снова летать на боевые задания – уже с протезом. Он участвовал в Курской битве, битве за Днепр, освобождении Белоруссии и Польши, Берлинской операции.

Командир звена 128-го бомбардировочного авиационного полка старший лейтенант Маликов за годы войны совершил 196 боевых вылетов, более 100 из которых – после ампутации ноги.

15 мая 1946 года Илье Антоновичу Маликову было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

Подробные сведения о боевом пути и подвиге Ильи Маликова, а также материалы о других героях Великой Отечественной войны бережно хранятся в фондах Президентской библиотеки Республики Беларусь. Библиотека располагает обширной коллекцией военных изданий, газет и документов, в которых запечатлена память о защитниках Отечества.