Решение о создании Ботанического сада было принято 17 апреля 1932 года Советом Народных Комиссаров БССР. Первый директор, профессор Степан Павлович Мельник, за короткий срок сумел организовать работу с нуля: за два года проложили аллеи, заложили питомники и дендрарий. К 1940 году сад стал самостоятельным научным учреждением с шестью лабораториями, коллекцией из 1,3 тысячи видов деревьев и кустарников и тысячами оранжерейных растений.

Великая Отечественная война обернулась для сада катастрофой. Захватчики превратили научный центр в подсобное хозяйство, взорвали служебные помещения, уничтожили гербарий и библиотеку. Как писал ученый секретарь Н.Д. Нестерович, «все, что собиралось годами, было уничтожено». 

Возрождение началось сразу после освобождения Минска в июле 1944 года. Новая эра наступила в середине 1950-х с приходом академика Николая Владиславовича Смольского. Под его 21-летним руководством сад восстановил коллекции, наладил научные связи с СССР и зарубежьем. Уже в 1957 году двери сада распахнулись для всех желающих, а к 1960 году он вошел в список крупнейших ботанических садов Советского Союза.

Сегодня это ведущее учреждение страны по сохранению биоразнообразия. В 2007 году сад признан памятником природы республиканского значения. 

Израненный войной и возрожденный из пепла, Центральный ботанический сад остается не просто зеленым островом в центре столицы, но и живым символом научной стойкости и преемственности поколений.