В 1918 году окончил местную церковно-парафиальную школу, учился в Слуцком духовном училище, затем в школах первой и второй степени, реальном училище, гимназии, в Слуцком сельскохозяйственном техникуме.

Он прошел через множество испытаний, пережил непростые и сложные периоды своей жизни, столкнулся с многочисленными трудностями, которые требовали от него большой силы и стойкости. Его жизненный путь отличался особой насыщенностью и трудностями, что делает его биографию особенно ценным и глубоким примером мужества и стойкости.

Ян Алексеевич работал редактором Государственного издательства БССР, литературным консультантом Союза писателей БССР, редактором отдела прозы и заместителем главного редактора литературного журнала «Полымя».

В Петрусь Бровка, с которым когда–то вместе были в футуристической группе Павлюка Шукайлы, 1967 году пригласил его на ответственную работу в создаваемую «Белорусскую Советскую энциклопедию». На все предостережения отвечал, что Скрыгану он доверяет, и лучшего стилиста, способного выработать язык будущей энциклопедии, не найти.

С этого года по 1975-й он работал заместителем заведующего литературно-контрольной редакции издательства «Белорусская Советская Энциклопедия». В 1975-1985 годах занимал должность ответственного секретаря Комитета по Государственным премиям БССР в области литературы, искусства и архитектуры.

И все это время работал над своими произведениями. Это был период активной творческой деятельности. Вышли сборники: «Апавяданні» (1956), «Наталя» (1957), «Няпрошаная сляза» (1958), «Скажы адно слова» (1961), «Свая аповесць» (1964), избранное «Кругі» (1969), повесть «Кругі» (1986), «Выбраныя творы» у 2 тамах (1975; 1985), «Выбраныя творы» (2005), книга воспоминаний и очерков «Ранішнія росы: Літаратурныя нататкі, успаміны, партрэты» (1965), книга воспоминаний и очерков «Некалькі хвілін чужога жыцця» ((1979, 1990).

Писатель также переводил на белорусский язык с русского, украинского, литовского, латышского, эстонского языков. Перевел на белорусский язык произведения И. Бабеля, И. Бунина, Ф. Гладкова, М. Горького, А. Островского, К. Федина.

Известный белорусский писатель, переводчик, заслуженный работник культуры, лауреат Государственной премии... Он был великим тружеником Слова, пользовался огромным авторитетом как знаток и защитник белорусского языка, неутомимый и принципиальный.

Петрусь Бровка принес ему на редактирование свой роман «Калi злiваюцца рэкi». Скрыган предупредил, что, если начнет редактировать, оставит только четверть. На что Бровка ответил: «Я знаю. Но если ты отредактируешь, больше ничего не нужно будет поправлять». 

Однажды Стефания Станюта сказала после вечера в Купаловском театре, на котором выступал Ян Скрыган: «Я его слушала, как музыку».

Он успел отобрать у судьбы часть утраченного. И этого хватило, чтобы читатели его любили и помнили, — ведь после смерти начинается новая, самая долгая, жизнь писателя. Жизнь его произведений.

В 1998 году в Кивиыли (Эстония) установлен памятник – большой камень с барельефом Яна Скрыгана (скульптор — Валерьян Янушкевич).

Имя Яна Скрыгана размещено на одной из информационных интерактивных скамеек на Аллее писателей в Копыли. 

16 ноября 2023 года вблизи деревни Городище (Слуцкий район, Минская область), на дороге Н-9477 Городище — Гольчичи — Жилин Брод, открыт памятник писателю в виде открытой книги, с надписью "На пачатку XX стагоддзя (1915-1925) на Случчыне жыў беларускі пісьменнік Ян (Янка) Скрыган. Вялікую чарадзейную сілу мае слова. Сапраўды варта быць пісьменнікам, каб любіць яго і адчуваць. Янка Скрыган".